Née d'un décret du 31 juillet 1937, l'appellation Côtes du Jura est la plus étendue des appellations jurassiennes. Elle s'étend du nord au sud du vignoble, ce qui lui confère un grand nombre de contrastes de terroirs. En cela, elle constitue un territoire de découvertes des différentes expressions des cépages jurassiens.

L'Appellation Côtes du Jura répertoriait une soixantaine de communes en 1937. Elle en regroupe aujourd'hui 105 sur une superficie totale de 551 hectares en vignes. Les communes représentant les surfaces les plus importantes sont Arlay, Beaufort, Buvilly, Gevingey, Lavigny, Mantry, Passenans, Poligny, Rotalier, Saint-Lothain, Toulouse-le-Château, Le Vernois, Vincelles et Voiteur. Même si tous les produits jurassiens sont élaborés dans l'AOC Côtes du Jura, c'est la production de blancs et de Crémant du Jura qui prédomine avec des vins ronds, fruités et généreux. En terme de volume de production, il s'agit de la deuxième AOC jurassienne.